为了规范农民专业合作社会计工作，保护农民专业合作社及其成员的合法权益，根据《中华人民共和国会计法》、《中华人民共和国农民专业合作社法》及有关规定，结合合作社的实际情况，农业部制定了《农民专业合作社财务会计制度》，自2008年1月1日起施行。本制度分：总则；会计核算的基本要求；会计科目；会计报表；会计凭证、会计账簿和会计档案五个部份，其中对37个会计科目的核算进行讲解；5张会计报表资产负债表、盈余及盈余分配表、成员权益变动表、成员账户表、统一了格式；会计档案保管以表格方式进行期限规定。